Dijiste Libertad antes que nadie, cuando el susurro iba de piedra en piedra
El 30 de agosto de 1821 fue derrotado en Punta del Médano por las fuerzas del coronel José Albino Gutiérrez.
Pese a que intentó replegarse a Jocolí con sus tropas, es traicionado por algunos de sus seguidores y oficiales, los que insurreccionaron la tropa y, tomándolo prisionero junto con José María Benavente y Felipe Álvarez, es entregado al coronel mendocino Gutiérrez. Enjuiciado y condenado a muerte por numerosos crímenes fue fusilado cerca del mediodía del 4 de septiembre, en la plaza de Mendoza. Durante esa ejecución, y de acuerdo al relato de fray Benito Lamas Carrera demostró gran valor personal, solicitando no se le vendaran los ojos, que se apuntara donde estaba su mano (sobre su corazón) y estar de pie, todo lo cual le fue negado. A continuación, el se limpió cuidadosamente algunas motas de las mangas de su casaca militar y gritó ¡Muero por la libertad de América!.
Luego de ello y según lo relatado en una carta por John M. Forbes, agente de los Estados Unidos en Buenos Aires, al Secretario de Estado de Norteamérica John Quincy Adams, y de acuerdo a un boletin publicado en esa ciudad, el cuerpo de Carrera fue mutilado. Su cabeza fue cortada y expuesta en la plaza de Mendoza; su brazo derecho fue enviado al Gobernador de Córdova, y el izquierdo a Punta de San Luis. Este acto fue considerado de salvaje ferocidad causando un sentimiento de horror en la comunidad. Sin embargo eso es negado por fray Lamas: "Preguntado por el que redacta esta memoria si era cierto, como dice el señor Yates en su diario impreso en el apéndice a la obra inglesa cuyo título es: Journal of a Residence in Chile by Mary Graham, London, 1824, si era cierto que a don José Miguel Carrera le cortaron, después de ejecutado, la cabeza y la mano derecha, me contestó que no había oído nunca semejante cosa, a pesar de haber acompañado, al suplicio al general, residir en Mendoza y haber predicado el sermón de gracias por la victoria de Mendoza contra él; así como la oración - fúnebre del general Morón".
Cabe considerar que ese tipo de mutilaciones no era -como el dictamen mismo sugiere- desconocido en la época y que Carrera mismo no era ajeno a esa “costumbre”, como cuando ordeno cortarle la cabeza al coronel Videla después de su derrota en la batalla por la ciudad de San Luis a fin de presentarla como regalo a su amigo, Estanislao López, entonces gobernador de Santa Fe. El Instituto de Investigaciones Históricas "José Miguel Carrera" ha estado tratando de establecer los hechos por algún tiempo, pero aún no ha publicado resultados.
Su repatriación tuvo lugar, en las palabras de Benavente "Cuando Chile gozo de la plena libertad que nunca había tenido y tal vez no tendrá después" (opp cit, pp 36) Eso fue, irónicamente, durante la presidencia de Francisco Antonio Pinto, persona que es considerada responsable de sepultar para siempre las tendencias federalistas en la política chilena.
Quizás lo correcto es decir que, por mucho tiempo, el prócer fue visto principalmente como una figura romántica en la Historia, visión basada no tanto en los hechos pero en una leyenda que fue medio creada y medio espontánea. Así, por ejemplo, y a pesar que es generalmente conocido que la libertad de vientres fue establecida en Chile por el Primer Congreso Nacional - institución que Carrera derrocó por estar, en su opinión, compuesta por hombres que eran "en su mayor parte ignorantes, asesinos i últimamente dirigidos por uno o dos perversos"- Pablo Neruda implícitamente lo atribuye a Carrera ('Liberaste al hijo del esclavo.)
"Dijiste Libertad antes que nadie,
cuando el susurro iba de piedra en piedra
escondido en los parios, humillado.
Dijiste libertad antes que nadie.
Liberaste al hijo del esclavo.
Iban como las sombras mercaderes
vendiendo sangre de mares extraños. Liberaste al hijo del esclavo."
Pablo Neruda Episodio XXIV, del Canto General (extracto)